Facturation électronique : ce qui change pour les médecins
Facturation électronique : ce que la réforme change pour les médecins libéraux
Initialement prévue en 2025, la réforme de la facturation électronique en France doit entrer en vigueur à partir du 1er septembre 2026, avec une mise en œuvre étalée selon la taille des structures. Son objectif : moderniser les échanges de factures, renforcer la conformité fiscale et faciliter le traitement des données par l’administration, notamment pour les entreprises, les indépendants et certaines professions libérales. Alors, vos actes médicaux sont-ils soumis à une nouvelle obligation ? Devez-vous changer votre organisation en tant que professionnel de santé libéral ? Cet article vous dit tout sur cette nouvelle réglementation.
Le point sur la réforme de la facturation électronique
À compter du 1er septembre 2026, toutes les entreprises devront être en mesure de recevoir des factures électroniques via une plateforme agréée.
L’obligation d’émettre des factures électroniques sera ensuite mise en place selon la taille des entreprises :
- 1er septembre 2026 : Grandes entreprises et ETI ;
- 1er septembre 2027 : PME, TPE et microentreprises.
Pour les TPE et PME, l’émission des factures électroniques est donc prévue en septembre 2027. En revanche, elles devront être prêtes à recevoir des factures électroniques dès septembre 2026.
Cette réforme vise à lutter plus efficacement contre la fraude à la TVA. Pour les entreprises, elle permet aussi :
- D’améliorer la traçabilité des échanges entre entreprises ;
- De limiter le risque d’erreur ;
- De transmettre les factures dans un format conforme et sécurisé.
Alors, le secteur médical est-il concerné par cette réforme ?
📌 À retenir : La réponse diffère en fonction de la nature des prestations que vous réalisez dans votre activité professionnelle.
Avantages : médecin salarié vs médecin libéral
📌 Bon à savoir : Que vous soyez médecin généraliste ou spécialiste libéral, vos actes médicaux sont en général exonérés de TVA. Ils ne sont donc pas considérés comme des prestations commerciales classiques.
Toutefois, vous devez aussi régler les factures de vos fournisseurs pour votre cabinet libéral. C’est à ce titre que la facturation électronique peut vous concerner dès le 1er septembre 2026. Comme le rappelle l’administration fiscale, vous devrez être en mesure de recevoir vos factures fournisseurs par cette voie.
Dans ce contexte, de nombreux professionnels de santé se demandent si les logiciels qu’ils utilisent au quotidien devront évoluer pour répondre à ces nouvelles obligations.
Les logiciels médicaux comme Desmos doivent-ils s’adapter à cette réforme ?
La transmission des factures par Orisha Healthcare
La réforme vise surtout les échanges B2B et donc les entreprises assujetties à la TVA. Elle peut, en ce sens, concerner votre cabinet pour la réception des factures fournisseurs :
- Logiciel ;
- Matériel ;
- Prestations informatiques ;
- Services administratifs.
En tant que fournisseur, Orisha Healthcare appliquera cette réforme avec l’émission de factures électroniques pour vos abonnements, comme tout prestataire. Vous pourrez donc recevoir ces factures sous format électronique pour l’utilisation de vos logiciels.
Desmos reste un logiciel métier dédié aux professionnels de santé
La facturation de vos soins suit ses propres règles. Elle ne repose pas sur la même logique qu’une facture commerciale entre deux entreprises B2B assujetties à la TVA.
📌 Bon à savoir : Les FSE SESAM-Vitale et les factures électroniques au sens de la réforme ne relèvent pas du même circuit. Les feuilles de soins électroniques restent transmises via SESAM-Vitale à l’Assurance Maladie. La réforme concerne surtout les factures échangées avec des entreprises prestataires, notamment pour vos achats, abonnements ou services liés au cabinet.
Desmos n’intervient donc pas dans vos échanges de factures.
En d’autres termes, les solutions d’Orisha Healthcare ne jouent pas le rôle de plateforme de facturation électronique. Il s’agit uniquement de logiciels de facturation conçus pour accompagner votre activité au quotidien. Elles vous permettent de gérer votre organisation, le suivi de vos patients, vos actes médicaux et leur facturation.
📌 À retenir : En pratique, votre utilisation de Desmos ne change pas avec cette réforme.
À quels changements les médecins doivent-ils faire face avec cette réforme ?
La transition vers la facturation devrait donc avoir un impact limité pour vous, notamment si vous effectuez dans votre cabinet médical des actes exonérés de TVA. Elle ne modifie ni le fonctionnement de facturation ni votre relation de médecin libéral avec vos patients ou l’Assurance Maladie. Mais l’obligation de réception de factures fournisseurs vous contraint malgré tout à vous mettre en conformité avec cette loi. Alors que devez-vous faire en pratique ?
💡 Astuce pratique
Préparez votre cabinet, en suivant ces étapes clés :
- Faites la liste des prestataires avec lesquels vous travaillez. Demandez-leur comment s’effectue la mise en place de cette obligation d’émettre leurs factures électroniques.
- Au besoin, faites le point avec un expert-comptable habitué aux contraintes des professionnels de santé libéraux. Il saura vérifier si vous devez effectuer des démarches particulières.
Concrètement, cette modernisation nécessite donc quelques vérifications de votre part. En cas de non-conformité, voici les risques à connaître.
Quels sont les risques en cas de non-conformité ?
Le non-respect de l’obligation de facturation électronique peut entraîner une amende de 50 € par facture non conforme, dans la limite de 15 000 € par an. En cas de non-recours à une plateforme pour recevoir les factures, des amendes peuvent également être appliquées après mise en demeure.
Toutefois, les médecins libéraux sont souvent exonérés de TVA pour leurs actes médicaux.
📌 Bon à savoir
Le risque de contrôle administratif concerne donc surtout vos échanges avec des entreprises prestataires, selon les opérations réalisées avec elles et les obligations applicables à votre situation.
La réforme de la facturation électronique reste une évolution importante dans la vie des entreprises. Les sanctions expliquées ci-dessus concernent surtout les obligations liées aux échanges de factures entre entreprises. Pour les médecins libéraux, le risque reste donc limité lorsque les actes réalisés sont exonérés de TVA et que les factures fournisseurs sont correctement reçues. L’utilisation du logiciel Desmos ne change donc pas avec cette réforme. Les solutions Orisha Healthcare restent des logiciels métier dédiés aux professionnels de santé : elles ne servent pas à gérer les obligations fiscales liées aux factures entre entreprises.
sources
Emploi collectivité – Grille indiciaire du praticien hospitalier
DREES – Revenu des praticiens libéraux
Conseil de l’Ordre des médecins – Code de déontologie médicale
FAQ
Quels changements relatifs à la facturation électronique sont prévus en 2026 ?
Pour les entreprises, quelle que soit leur taille, ces obligations légales visent à remplacer la facture papier par un format structuré et sécurisé. Pour vous, professionnel de santé, les modifications concernent surtout l’organisation administrative liée à vos prestataires externes.
Existe-t-il une mise à jour à réaliser sur Desmos pour être conforme à la réforme de la facturation électronique ?
Non. La réforme ne modifie en rien l’usage de ce logiciel.
Les actes médicaux sont-ils soumis à la TVA ?
Non. Dans la plupart des cas, les actes médicaux ne sont pas des prestations commerciales classiques. Ils sont donc exonérés de TVA.
Qui peut vous aider à préparer cette réforme ?
Un cabinet d’expertise comptable est le mieux à même de vous aiguiller sur cette réforme. En cas de doute, « n’hésitez pas à contacter un expert-comptable.
Les médecins libéraux doivent-ils recevoir des factures via une plateforme agréée ?
Oui, cela est une obligation légale à partir du 1er septembre 2026.
